キャピラリーガスクロマトグラフに比べて分解能では劣りますが、サンプルへの制限がGCほどはありません。よってGCでは分析困難な揮発性が不十分な化合物、熱的に不安定な化合物でも分析可能です。一般的にGCでは既知有機化合物の20%程度が分析可能といわれていますが、 HPLCではより多くの有機化合物に対して対応可能と考えられています。
HPLCでは一般的に移動相に溶解する試料は分離可能で、固定相（充填剤）の開発により、分離できる対象試料が金属イオンから生体高分子まで広がっています。HPLCでは目的対象によって移動相、カラムの選択が重要となります。
使用するカラムとしては一般的に微小粒径、2～10uｍ程度の固定相を充填したものを使います。微小粒径のカラムを使用することにより分離度が高く、分析時間が短くなります。
